短串联重复序列(short tandemrepeat,str),它广泛并均匀地存在于真核生物基因组中,一般由一个长2~6bp的核心序列经多次串联重复排列而成,重复次数大多在10~60次之间。个体间核心序列的重复次数呈高度变异性,构成了str的遗传多态性。由于str具有分布广泛均匀、多态性丰富、信息量大、检测简便等优点,已广泛应用于遗传图谱绘制、基因定位、法医鉴定、遗传病诊断等诸多领域。
瑞金特生物可为您提供特定区域扫描、人致病基因定位(全基因组扫描)两种str分型检测服务。
特定区域扫描
瑞金特生物可根据客户指定的染色体区域寻找微卫星标记,进行定点扫描
技术路线
优势:
a. 可以提供荧光引物的合成。
b. 实验周期短:正常情况下,3~4天就可以出结果。
c. 结题报告数据明显,通过表格和峰图可以清楚的看到片段大小、丰度、纯合杂合等分型信息。
送样要求
a. 送样要求,pcr产物或基因组dna:浓度≥50ng/μl,总体积≥20μl;新鲜组织样品:总量≥100mg的新鲜组织样品或1~2ml血液样品;
b. 送样时,请注意避光保存,同时在订单上标注好是str样本;
c. 我们默认使用的内参为rox500和liz500,如需使用其他内参,请自行提供;
d. 建议使用fam、hex、tamra三种荧光标记;
为尽量避免多种荧光信号的相互干扰,不建议同管检测使用的荧光多于2种;多种荧光同管检测,pcr产物大小需相差50bp以上;
常见问题
(1)你们是怎么区分出我送的未知荧光呢?
答:我们使用rox500作为红色内标时,可以鉴别出蓝色荧光和绿色荧光;liz500作为橙色内标时,四种荧光都可以鉴别的出来。
(2)str 检测用的仪器是什么?名字与型号,厂家, 最多能测多少个 bp?
答:我们使用的仪器是 abi3730xl analyzer (美国),最多能测 1500bp。
(3)上样量(分子量内标、 甲酰胺及 pcr 产物各需要多少)?
答:先对 pcr 产物进行纯化,随后取 1ulpcr 产物和 10ul 的内标[加入1000 ul hidi 和5ul rox500/liz500,震荡、混匀( 96 个样品用量)]进行上样。
(4)公司能否提供 genemapper 软件?
答:这个软件是正版软件,不能随意安装,不便提供。另外老师您可以在发送给您结果的邮件中下载分析软件 genemarker(在英文操作环境下进行)。
(5)其中 allele, size, height, peak area, data point 分别代表什么?如何解释?
答:allele : displays the label of the allele according to the label settings of the analysis method
size : displays the calculated size (in bp) of the associated peak.
height : displays the height (in rfu) of the associated peak.
peak area : displays the calculated area underneath the associated peak.
data point :displays the data point that defines the center of the associated peak in the sample data
北京瑞金特生物科技有限公司
赵老师
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